单纯性肾囊肿发病机制尚未完全阐明，虽属非遗传性先天性疾病，但Schnlzinger（1994）等发现两个单纯性肾囊肿家族，对其进行基因连锁分析尚未发现与常染色体显性遗传性多囊肾（ADPKD）有关，认为可能存在常染色体显性遗传性单纯性肾囊肿。病变多见于肾下极。囊肿起源于肾小管，突出于肾皮质表面，外观呈蓝色，也可位于皮质深层或髓质。一般直径为1cm以下，也可有3～4cm，个别可达10cm或以上。囊内含无菌清亮琥珀色液体，5%为血性液体。其中约1/3～1/2的病例有囊壁恶性病变。囊壁薄，内衬单层扁平上皮，也有纤维化和钙化呈鸡蛋壳状。下极囊肿可压迫输尿管引起梗阻性积水和感染。

可为先天性肾小球、肾小管结构变异所致，也可因后天损伤、感染等造成。